明清的蒙古源流

元朝覆灭之后

元朝覆灭之后，元顺帝和太子爱猷识理答退回漠北建立北元，然而明朝此后数次北伐蒙古，导致北元首都哈尔和林被焚毁、北元宗室威信扫地。黄金家族内部忽必烈以来忽必烈系与阿里不哥系、窝阔台系之间的内部矛盾死灰复燃，而蒙古高原上新兴贵族也觊觎黄金家族的位置，外有强明，内有权臣，漠北政权开始进入了一个动荡的时期。

首先，卫拉特通过扶持阿里不哥系的大汗挟天子以令诸侯，削弱传统的东部蒙古贵族的话语权，逐步掌握了东西蒙古的控制权。卫拉特的首领马哈木及其子脱欢，在与东部蒙古强臣阿鲁台的长期拉锯战中逐渐占据上风。脱欢在1438年击败东蒙古贵族，在事实上统一了蒙古诸部，以脱脱不花（即泰松汗）为傀儡大汗，定都哈拉和林。脱欢之子也先在1449年“土木堡之变”大败明军、俘虏明英宗，卫拉特也达到了极盛，也先于是与大汗脱脱不花决裂并击杀之，在1453年自立为蒙古大汗。也先称汗打破了自成吉思汗以来“非黄金家族不能称汗”的绝对政治禁忌，不仅仅是卫拉特新贵族和蒙古旧贵族之间的冲突激化，导致蒙古所有贵族的强烈反弹。也先在称汗之后就陷入了内外交困的局面，仅仅一年就被暗杀而死。

也先之死并没有恢复草原的秩序，卫拉特受到蒙古各部围攻被迫西迁，权力落入东道诸王后裔的毛里孩手中。毛里孩拥立脱脱不花的长子脱谷思蒙克为汗，自任太师，又在后来杀害了脱谷思蒙克，最终在1468年被脱谷思蒙克的兄弟满都海击败。1479年满都海死后，其遗孀满都海哈屯拥立年仅七岁的巴图蒙克登基，即后来的蒙古中兴之主达延汗。在满都海哈屯的辅佐下，达延汗通过一系列的军事征讨，击败了卫拉特等敌对势力，重新统一了东西蒙古，恢复了成吉思汗“黄金家族”作为蒙古正统统治者的绝对权威。为了防止太师、丞相等权臣再次架空大汗，达延汗在政治上进行了重大改革：废除了太师等官职，恢复了传统的“济农”（副汗）制度来协助大汗治理国家，将统一后的蒙古重新划分为大汗亲领的蒙古左翼三万户和济农管辖的右翼三万户，~~这也是后来东西罗马的雏形~~。

蒙古左翼三万户有：

察哈尔：“察哈尔”这个词史学界认为源于波斯语，其意为“家人”、“奴仆”、“卫士”、“宫殿卫队”之意。察哈尔部它不是以血缘关系,而是以职业关系为纽带,由万户、千户、百户等大小贵族子弟混合组成的特殊集团,是世代侍卫蒙古历任大汗的护卫军。达延汗遵循成吉思汗旧例设立的察哈尔万户演变为后来的察哈尔部，在满都鲁可汗统治时期逐渐强大起来。
兀良哈：兀良哈（又译乌梁海、乌梁罕等）本是古老的部落名，元代用以泛称居住在贝加尔湖以东、色楞格河流域的“林木中百姓”（森林部落）。1207年，成吉思汗派长子术赤征服了该地区的森林部落，兀良哈万户的大酋长之一是成吉思汗开国功臣者勒蔑。在明代，一部分兀良哈人南迁至大兴安岭南麓的朵颜山、绰尔河一带，转变为游牧生活，这部分人构成了明朝著名的“兀良哈三卫”（朵颜、泰宁、福余）的主体。除三卫之外，还有另一部分兀良哈人留居漠北，后来被达延汗收编，成为蒙古左翼三万户之一的兀良哈万户。
喀尔喀：达延汗将其第十一子格哷森札（札赉尔珲台吉）分封在瀚海以北的杭爱山一带，始号喀尔喀。格哷森札的后裔在漠北繁衍，逐渐分化为左、右翼，并演变出后来的土谢图汗、车臣汗、札萨克图汗以及赛音诺颜部（即外蒙古/喀尔喀蒙古的主体）。此外，达延汗第六子阿鲁楚博罗特的后裔在16世纪中叶随大汗南迁至大兴安岭以东，脱离了原喀尔喀万户，演变为后来的“内喀尔喀五部”（清代编入内蒙古盟旗）。

蒙古右翼三万户有：

鄂尔多斯： “鄂尔多斯”一名来源于蒙元时期成吉思汗四大斡耳朵（宫帐）的复数形式，其初期的政治地位非常显赫，主要由管理和守护成吉思汗陵寝（八白室）的人众组成。15世纪中期，这部分人众进入黄河河套地区游牧，逐渐形成了鄂尔多斯万户，是蒙古右翼三万户之一。达延汗时期，将其第三子巴尔苏博罗特济农分封于此，成为右翼的盟主；此后鄂尔多斯各部均由巴尔苏博罗特及其后裔（济农）统辖、繁衍而来。
土默特：关于“土默特”名称的起源，学界认为它可能与元代成吉思汗时期的森林部落“秃马惕”有传承关系，而在15世纪的文献中，它被称为“多罗土蛮”，意为“七个万户”，由于多罗土蛮部在各营中实力最强，其名字的后半部分“土蛮”（意为万，即土默特）便保留下来成为整个万户的代称。在达延汗初期，右翼三万户中本是“蒙郭勒津万户”，后来达延汗之孙俺答汗实力强大，兼并了蒙郭勒津万户的大部分，此后该万户的名称逐渐被俺答汗所领的“土默特”取代，成为土默特万户。
永谢布：永谢布（又作应绍不、应绍卜）万户的主体出自元代的阿速卫和钦察诸卫。随着北元政权的游牧化，他们在15世纪中叶形成强大的部落集团。15世纪70年代，原属窝阔台家族势力的也克力部（由癿加思兰、亦思马因等率领）东进，吞并了阿速、哈喇沁（喀喇沁）等部，形成了由永谢布、阿苏特和哈喇慎三部组成的永谢布万户。15世纪末至16世纪初，达延汗西征击败了该部的首领亦不剌，将其部众收编，永谢布由此正式成为达延汗治下右翼三万户之一。后来该部由俺答的弟弟博弟达喇等人统领。

1517年达延汗死后，由于长子图鲁博罗特已经早逝，蒙古大汗之位本应由长孙博迪台吉继承，然而达延汗的第三子、统领右翼三万户的巴尔斯博罗特济农（即俺答汗的父亲）借着博迪年幼之机，悍然自立为蒙古大汗。大约两年后，博迪在汗廷大臣的支持和拥戴下，才迫使叔父巴尔斯博罗特让出汗位，正式登基，尊称为博迪阿拉克汗。虽然汗位回到了左翼，但是蒙古右翼已经坐大，自然没有旧居人下之理，然而达延汗制定宗法制度只允许蒙古左翼的后裔继承汗位。巴尔斯博罗特济农，其子衮必里克和俺答分别接管鄂尔多斯部和土默特部，两兄弟通过北征兀良哈部、西征西海蒙古逐渐在蒙古各部之间建立起威信，原本的大汗之子达赉逊库登汗（达来孙）畏惧俺答的威势率领察哈尔部东迁辽东，以朵颜三卫的名义向明朝朝贡。

衮必里克死后，俺答成为右翼蒙古的共主和漠南蒙古的霸主，俺答也有了图谋大汗之位的心思。1570年俺答向大明请求朝贡，获封顺义王。借由明朝的册封以及朝贡贸易的经济利益，俺答换取了蒙古部族对其大汗之位的承认。他又效法忽必烈，库库和屯（今呼和浩特），这其实是“仿造失陷的大都”，明显是在做效法忽必烈自立门户的准备。为了彻底摆脱“黄金家族”法统的束缚，俺答汗于1578年在青海仰华寺与藏传佛教格鲁派领袖索南嘉措（三世达赖喇嘛）会面，建立政教同盟。索南嘉措赠予他“咱克喇瓦尔第彻辰汗”（意为聪慧睿智的转轮圣王大汗）的尊号。这也导致了蒙古实际上出现了东西两翼分别有大汗的情况，也为日后的分裂埋下了隐患。

在俺答死后土默特部陷入了内斗，明朝派军入侵漠南的鄂尔多斯部和西海蒙古，右翼的漠南蒙古自此衰落。漠北的喀尔喀部同样效仿了俺答的政教路线，一面向西袭杀了当时担任卫拉特盟主的和硕特部首领哈尼洪果尔，将卫拉特势力彻底逐出蒙古高原，另一面在1587年主动会晤达赖喇嘛，受封为“瓦齐赉汗”，喀尔喀部自此改信黄教。受到东蒙古影响，卫拉特也在17世纪初纷纷皈依了黄教。

蒙藏宗教冲突

俺答之后，东部蒙古实际上进入了一个相对稳定发展的时期，不论左右翼（甚至包括辽东的女真人）都受益于隆庆和议以来的朝贡贸易，漠南蒙古开始逐渐定居化。明朝和蒙古之间的战事逐渐停歇，辽东的局势反而因为日本入侵朝鲜和努尔哈赤的崛起逐渐恶化。然而，尽管努尔哈赤已经取得了相当的地位，女真的势力也为明朝说忌惮，但是东部蒙古的关注点并不在这里，相当多的时间里蒙古人不但没有乘虚而入，反而还在帮助明朝对抗女真。这是因为随着俺答汗引入黄教，蒙古人不随之卷入了西藏的政教纷争，而这一纷争进而转变为了席卷整个蒙古高原的宗教冲突——宗教矛盾成为了蒙古内部的主要矛盾。

西藏的宗教冲突起源于帕木竹巴政权末期，原本统治西藏、支持红教（噶举派）的帕木竹巴政权日益衰落，而新兴的黄教则需要盟友来挑战旧秩序，与此同时俺答汗需要一种新的意识形态打破原有的部落规则，确立自己的大汗地位——这最终促成了黄教和蒙古人的联合，俺答汗死后其曾孙云丹嘉措更是成为了黄教的第四世达赖喇嘛，喀尔喀部也借由黄教获得了大汗地位。1604年林丹汗即位后，按照明人记载“今诸酋皆虎墩兔憨（林丹汗）约束之”，但由于“幼汗嗣立，濡弱未威”，大汗只是名誉上的“共主”而已。林丹汗一开始也积极顺应黄教流行的趋势，修建寺院并组织翻译《甘珠尔经》，自称为“林丹·胡图克图汗福荫成吉思睿智，所向无敌的刺瓦尔迪太宗之天神，宇宙之上帝，持金轮之诺门汗”，但是收效甚微。一方面蒙古各部都遵奉右翼的达赖喇嘛为主，导致大汗权威旁落，另一方面明朝采取分而治之的策略让各部各自朝贡，因此向林丹汗献贡的人反而越来越少。

1616年四世达赖在拉萨哲蚌寺圆寂，当时坊间谣言称达赖为藏巴汗所害，这也导致了黄教蒙古和藏巴汗之间的紧张。1617年喀尔喀蒙古开始向西藏派军支援黄教，随后噶玛巴派与藏巴汗合作击溃黄教联句，并在1618年占领了黄教大本营——色拉寺和哲蚌寺，由此建立了藏巴汗政权。红教掌权之后，也开始拉拢蒙古部落，首先找到了蒙古右翼的老对手——统率蒙古左翼的林丹汗。以往的史书往往会说，林丹汗是因为迷惑于红教的法术，导致他被信奉黄教的各部疏离，从动机上这种说法像是宗教故事而非事实。为了打动林丹汗，红教的沙尔巴呼图克图特从五台山请来了一尊大黑天金佛，这尊金佛是忽必烈在世时由国师八思巴所铸造，这件事情的政治寓意不言而喻，林丹汗也效仿先汗忽必烈将沙尔巴呼图克图特奉为国师，又效法忽必烈和俺答在察哈尔本部修建察罕浩特（即今天的吉林省白城市），想要借助红教的力量恢复元朝以来的政教合一法统。然而事与愿违，林丹汗的所作所为不仅招致黄教大本营的蒙古右翼的敌意，还激化了其与信奉黄教的喀尔喀、科尔沁等部的矛盾。

为了抗衡林丹汗，黄教不仅仅拉拢了后金，还在蒙古内部大肆批发汗位，仅仅喀尔喀部就有土谢图汗、车臣汗、扎萨克图汗，以往蒙古内部一汗独尊的局面变成了多汗并立，甚至林丹汗本人也被封为了“察哈尔汗”，这无疑是对林丹汗的一种侮辱。1619年喀尔喀部作为明军的盟友支援开原和铁岭，结果为努尔哈赤击溃，此后双方缔结盟约共同对抗刚刚皈依红教的林丹汗。1621年后金攻破辽沈，蒙古大为震动，黄教的囊素喇嘛从科尔沁地方投奔努尔哈赤并在沈阳修建庙宇，黄教从此开始在后金扎根。在这之后，右翼土默特部著名高僧博克达察罕喇嘛的三大弟子、卫拉特部的内济托音呼图克图、哈喇慎部的满珠锡礼呼图克图等，先后前往朝觐后金皇帝，宣称后金汗将成为蒙古的新大汗，煽动后金协助黄教势力对抗林丹汗。

1626年皇太极继位后，大力拉拢蒙古的黄教势力。虽然皇太极打心底里不信这些喇嘛，但是还是将黄教当作了笼络蒙古的手段，后金也成为了蒙古黄教事实上的最大靠山。在皇太极的笼络下，科尔沁、奈曼、敖汉、巴林、扎鲁特等部纷纷归顺后金，林丹汗试图镇压这些归顺后金的部落，但是无法与后金抗衡，反而导致更多部落投奔对方。1628年皇太极开始向察哈尔部用兵，林丹汗自知不敌，就西迁抢占了蒙古右翼在河套一带的地盘。1631年林丹汗卷土重来，试图从后金手中收回自己在辽东的故地，然而遭遇了后金和蒙古各部联军的围攻。1632年皇太极率领女真和蒙古联军远征林丹汗，林丹汗放弃了都城察罕浩特，从河套地区向西渡过过黄河逃亡，皇太极一路追击到呼和浩特。1634年林丹汗在流亡途中病逝，皇太极也在青海俘获了林丹汗的家属，并缴获了元朝的传国玉玺。扫平林丹汗之后，漠南蒙古16部1636年在沈阳会盟，共同推举皇太极为蒙古大汗。

最后的红教势力这是被卫拉特人清理。1635年随着林丹进入青海，支持红教的外喀尔喀部却图台吉入剧青海，之后和硕特部首领固始汗应黄教僧侣要求，发兵青海并打败了却图台吉。占据青海之后，和硕特部和清朝建立了友好关系，并大举发兵南下卫藏和康区，并在1641年于西藏打败藏巴汗、建立了甘丹颇章政权。

夹缝中生存的卫拉特

卫拉特在也先死后就逐渐消失于历史舞台，沦为东部蒙古崛起的背景板。1552年俺答汗率领漠南蒙古越过杭爱山，击溃了卫拉特主力并收复了蒙古帝国的古都哈拉和林，卫拉特人开始大规模向西退却。1558年俺答汗再度攻伐卫拉特，击溃了卫拉特的辉特等部，迫使部分卫拉特首领（如吉格根阿哈）献女求和。 1562年，鄂尔多斯部的呼图克图彻辰洪台吉率兵出击卫拉特，兵锋直抵额尔齐斯河流域，在那里大败卫拉特中的土尔扈特部。1572年，鄂尔多斯部的布延巴图尔洪台吉再度西征卫拉特，降服并掠夺了卫拉特的辉特部和绰罗斯（准噶尔的祖先）等部众。1577年，俺答汗与呼图克图彻辰洪台吉联合讨伐卫拉特，失利而归。

1580年代初，喀尔喀左翼的土谢图汗部首领阿巴岱赛因汗（Abtai Sain Khan）在库布克尔地方大败卫拉特，杀死了和硕特部的首领。在这场战役中卫拉特人损失惨重，阿巴岱甚至任命了自己的儿子为卫拉特的新首领。1587年，漠北蒙古喀尔喀右翼硕垒乌巴什洪台吉（即首任和托辉特部阿勒坦汗）率军八万向卫拉特进军，越过阿尔泰山，卫拉特首领哈喇忽剌力战难敌。阿勒坦汗作为喀尔喀右翼和托辉特部的领主，虽然实际上和喀尔喀左翼各行其是，但在名义上仍以土谢图汗部的洪台吉（副王）的身份代表喀尔喀统治和控制卫拉特部，也就是俄国人所说的阿勒坦汗国的一部分。西迁的卫拉特人也向哈萨克人请求保护，哈萨克汗帖维克勒直接派自己的弟弟沙赫·马哈茂德到卫拉特人中游牧，并在俄罗斯人面前自称为哈萨克与卡尔梅克人的可汗，在1590年代获得了俄国沙皇的承认。换句话说，在这个时候，卫拉特不仅是喀尔喀附庸的附庸，还是哈萨克人的附庸。

这个时候卫拉特可以分为4部，遵奉黄金家族的和硕特部为盟主：

和硕特部：和硕特部的统治者是成吉思汗大弟哈斯尔的后裔，因此他们是卫拉特诸部中唯一拥有黄金家族“孛儿只斤”血统的部落，其首领在早期往往担任“四卫拉特”联盟的盟主，并有资格称“汗”。和硕特的首领拜巴噶斯在1596年左右被推举为卫拉特人的盟主，他和其弟图鲁拜琥（即后来统一青藏高原的固始汗）共同协调卫拉特的对外事务，他的养子咱雅班第达后来被送到西藏学习佛法，不仅将黄教引入卫拉特人，还为卫拉特人创造了托忒蒙古文。
绰罗斯部：绰罗斯是卫拉特中最具野心的一支，其贵族自称是天神或树木的后裔（非成吉思汗血统）。也先的另一个儿子哈木格太师（Khamug Tayishi，部分史料译为阿失帖木儿）分得了另一部分部众，他继续统领绰罗斯部（Choros）。随着其势力的扩大，他们被称为“准噶尔”（意为“左翼”或“左手”）。绰罗斯部首领哈喇忽剌在1587年的一次战役中作为统帅击败了阿勒坦汗，虽然卫拉特人最后还是屈服了，但这为哈喇忽剌在卫拉特人中树立了反抗者的威望，也为准噶尔部的崛起打下基础。
杜尔伯特部：也先的长子博罗纳哈勒（Boru Nagal）分得了一部分部众，他成为了后来杜尔伯特部（Dörbet）王公的始祖。杜尔伯特部的贵族与准噶尔部（绰罗斯）拥有共同的祖先神话，两者血缘关系最为密切。杜尔伯特部的首领达赖台什为躲避喀尔喀人的入侵，离开了阿尔泰山附近的牧场，转进西北在额尔齐斯河中游、伊施姆河与鄂毕河一带游牧，在北边的俄国人与南边的哈萨克人中间保持独立。
土尔扈特部：土尔扈特部被认为源自成吉思汗时代的克烈部（Kereyid），其名称可能源自蒙古大汗的护卫军（Torghuud）。土尔扈特的情况和杜尔伯特部差不多，在首领和鄂尔勒克（Kho Orluk）的带领下，土尔扈特人从塔尔巴哈台向西北沿着额尔齐斯河向下游迁移。由于哈萨克人挡住了土尔扈特人南下到突厥城市贸易的道路，和鄂尔勒克则将目光看向了刚刚成立的俄罗斯城市。按照俄国记载，1606年和鄂尔勒克向额尔齐斯河畔的俄国塔拉（Tara）要塞派遣使者，要求沙皇允许他们在西伯利亚的卡梅什洛夫河（Kamyshlov）和伊希姆河（Ishim）沿岸游牧，并进行互市贸易。1608年，土尔扈特部进一步向西北方向移动，并占据了被俄国摧毁的西伯利亚汗国的势力范围。到了1620年代，土尔扈特部已经向北推进到了西伯利亚汗国故地的托博尔河与伊希姆河流域，并且将自己的一个女儿嫁给了末代西伯利亚汗库楚汗之子伊什姆汗。

1604年卫拉特人开始大规模反抗阿勒坦汗，哈萨克人作为阿勒坦汗的盟友加入了战争，这也为西征埋下了伏笔。1606年，面对喀尔喀蒙古赉瑚尔汗的强大军事压力，和硕特部首领固始汗出面斡旋，卫拉特被迫与喀尔喀在额尔齐斯河下游达成停战和约，名义上承认了喀尔喀的宗主权并同意纳贡，随后卫拉特人的注意力转向了西方。1607年，卫拉特人向塔拉（Tara）的俄罗斯人派遣了使团。1608年，和硕特部入侵诺盖领地，并再度击败了哈萨克人。1609年，卫拉特军队越过伊希姆河和恩巴河，对哈萨克游牧营地进行了蹂躏。1610年开始，阿勒坦汗联合哈萨克人围剿卫拉特人，成功迫使卫拉特人屈服。此后，卫拉特受到了阿勒坦汗的严密监视，而哈萨克人则转而关注中亚的锡尔河地区。卫拉特为了壮大自身，在1614年向北扩张收服了欧亚草原上的鞑靼人，向巴拉巴和库兹涅茨克的鞑靼人征收农产品、猎物和铁器等贡赋，然后就无可避免地遇到了正在北方向东方扩张的俄罗斯人。

1604年，俄国开始在卫拉特牧场修建托木斯克要塞。1606年又侵入巴拉宾草场，卫拉特人向俄国派遣使者同沙俄交涉。1607年，俄国塔拉（Tara）地方当局派人带来礼物，企图劝诱土尔扈特部首领效忠沙皇并交纳实物税未成，和硕特部首领拜巴噶斯立即召开各部落首领大会，号召联合抗击沙俄的南侵。同年年底，卫拉特联合周围的鞑靼人消灭了入侵的哥萨克，并越过塔拉袭扰俄国的重要据点托波尔斯克和秋明。1608年秋，卫拉特联军击败了阿勒坦汗，收复了天山以北的牧场。1609年，俄国塔拉总督派以戈鲁平为首的使者前往土尔扈特等部，不仅企图胁迫他们“效忠”沙俄、交纳实物税（牙萨克），还蛮横地禁止他们在额尔齐斯河流域游牧。1615年，俄国托木斯克军政长官派哥萨克军队企图胁迫该地属民归顺俄国，遭到了当地人民的强烈反抗，土尔扈特人拦截了这支军队，收缴了他们的火绳枪和火药。实际上俄国也是内外交困的，自1598年留里克王朝绝嗣以来俄国进入一个动荡的混乱时期（Time of Troubles），直到1618年俄波战争结束国内才恢复稳定，没有办法对游牧部落动手，也有不少游牧部落乘虚而入，譬如诺盖人在这个混乱时期从俄国大肆掠夺人口，导致克里米亚的奴隶价格暴跌。

1616年努尔哈赤建立后金，同年拜巴噶斯率领的卫拉特各部正式皈依了黄教，也开启了卫拉特蒙古的政治整合。卫拉特主要部落首领举行了“丘尔干”（会盟）大会，组建了拥有万余核心兵力的四个军事阵营联盟，制定了共同遵循的《大法典》，以法律的形式确立了军事协助和内部团结的条款。1619年，准噶尔部首领哈喇忽剌与土尔扈特部首领墨尔根特墨讷主动出击，却遭遇惨败，部众被迫逃往鄂毕河、托博尔河一带的森林边缘避难。 1621年至1622年间，卫拉特人先后遭到了喀尔喀和哈萨克的攻击，俄国人也见到了杜尔伯特部为了躲避战争迁移到了俄属西伯利亚的城市周边。为了准备复仇，卫拉特王公在1622年彻底征服了库兹涅茨克地区从事采矿、冶炼的突厥铁匠部落，迫使他们用铁器交纳贡赋，为卫拉特军队大规模制造铠甲、头盔、长矛和马刀等武器。1623年，卫拉特各部（集结了3.6万至5万大军）在额尔齐斯河和塔尔巴哈台山南麓一带，迎战喀尔喀“阿勒坦汗”硕垒乌巴什率领的8万大军，最终卫拉特以少胜多、阵杀阿勒坦汗硕垒乌巴什，最终从喀尔喀人手中获得了独立。

卫拉特的内讧与分裂

虽然卫拉特人获得了独立，但是其处境并没有好转，卫拉特人并没有从战争的胜利获得什么经济补偿，这加剧了内部矛盾的激化。1625年，拜巴噶斯和其兄弟楚琥尔为争夺兄弟青台什去世留下的1000户阿拉特牧户（属民）和牲畜而大打出手，杜尔伯特部首领达赖台什作为与楚琥尔“亲密无间的台什”，因为担心蒙古人为趁机入侵出面调停。后来，楚琥尔联合了土尔扈特部的墨尔根特穆纳（梅尔根杰梅奈）、古扬、塔本台等其他台吉，组成了一支多达3万人的联军，去攻打自己的兄弟拜巴噶斯。双方在咸水湖（推测为斋桑泊附近）下方爆发激战，拜巴噶斯寡不敌众，退到额尔齐斯河以西。准噶尔部的哈喇忽剌在得到消息后，率领1万军队前来营救拜巴噶斯，逼退了楚琥尔。由此拉开了卫拉特内战的序幕，几乎所有台吉都卷入了混战。

由于缺乏记载，我们对于内战的细节不得而知，但是在战后拜巴噶斯显然已经死亡，随之而来的是楚琥尔与杜尔伯特部、土尔扈特部之间的冲突。在1627年9月的俄国档案中，杜尔伯特部的达赖台什和土尔扈特部的鄂尔勒克发誓要杀死楚琥尔，而楚琥尔向俄国边界流窜，想要逃匿到伊希姆河彼岸、秋明上游的托波尔河。1628年，俄国在卫拉特领地修筑了克拉斯诺亚尔斯克要塞；土尔扈特部首领和鄂尔勒克不愿卷入这种骨肉相残，在同年率领土尔扈特本部及部分和硕特、杜尔伯特、辉特部属民，借道俄国在1630年迁移到了伏尔加河流域。1630年春，杜尔伯特部的达赖台什率联军军在亚依克河打败并杀死了楚琥尔，卫拉特内战才宣告正式结束。

在内战期间，哈萨克的额什木汗也乘虚而入，击败了卫拉特联军，并胁迫和硕特部和土尔扈特部一起攻伐准噶尔部。1628年，原先插手卫拉特事务的哈萨克部额什木汗去世，新任的扬吉尔汗立足未稳，卫拉特人得以集中精力对付喀尔喀。同年，准噶尔部首领哈喇忽剌率领卫拉特联军，大败新阿勒坦汗俄木布额尔德尼，维护了卫拉特的独立地位。1629年，和硕特首领图鲁拜琥与准噶尔部哈喇忽剌再度联合，进攻喀尔喀部的阿勒坦汗，从喀尔喀手中完全夺取了天山草场。经过这场内战，和硕特部与杜尔伯特部因为内战大不如前，土尔扈特部跑到了东欧建立了独立的卡尔梅克汗国，只剩下了准噶尔部势力基本保存完好，并且有能力抵御外敌。至晚到1630年，拜巴噶斯的弟弟图鲁拜琥迎娶了自己嫂子贡吉夫人，接替了卫拉特的汗位。这位新大汗因为信奉黄教，在1606年被青海的黄教活佛东科尔呼图克图赠予“大国师”的称号，音转为“固始”，遂自称“固始汗”。

固始汗即位之初并没有急着对外扩张，但是对俄国十分警惕。1634年，固始汗率领许多台吉等卡尔梅克人游牧驻守在亚梅什湖周围，阻止俄国人从盐湖中取盐。俄国人获得情报称，固始汗准备攻打西伯利亚各城的交实物税的州县，并绕道额尔齐斯河从鞑靼人那边进攻，后来固始汗从沙皇那里获得了很多赏赐，固始汗也不再阻扰俄国人；同年冬天，固始汗率领卫拉特人入侵哈萨克人，俘虏了未来的杨吉儿汗，要求对方发誓不再入侵卫拉特。1635年巴图尔珲台吉成为准噶尔部的领袖，与固始汗共同担任卫拉特的盟主，他和固始汗关系并不是很好，在即位之初就要求固始汗现在的牧场，固始汗也照做了。固始汗代表卫拉特在1635年要求遣返布哈拉使节卡兹，又在1636年向俄国人索要西伯利亚汗国末代可汗库楚姆的孙子们，并威胁要进攻俄国在西伯利亚的城市。结果1636年5月固始汗又派出使者到托木斯克，代为向俄方宣誓，接受沙皇的保护；同年秋，在准噶尔部的支持下，固始汗南下攻略青海。

青海的却图汗虽然来自黄教喀尔喀，却是红教林丹汗的支持者，随着林丹汗败退青海，却图汗也追随林丹汗来到青海，并最终成为威胁当地黄教势力的地头蛇。1637年正月，以和硕特部为主力、合计约万人的卫拉特联军在青海湖畔遭遇3万人组成的却图汗部队，固始汗以少胜多，是为血山之战。战后，固始汗向各部首领大加赏赐，还将自己的女儿嫁给准噶尔部的巴图尔珲台吉，自己留在青海以青海为和硕特部新的基地，原先的牧场都由准噶尔部接收，准噶尔部和和硕特部从此分道扬镳。占领青海之后，固始汗于4月南下拉萨，和达赖、藏巴汗商议共同扑灭反对佛教的苯教大本营——康区的白利土司。固始汗假意向支持红教的藏巴汗示好，提议共同派遣使团朝贡清朝，实际上在消灭白利土司之后立即调转方向直扑后藏，最终消灭了藏巴汗势力，成为了青藏地区的霸主。